Margaret là con gái của hoàng tử Anh Edward the Exile và vợ ông là Agatha, và cũng là cháu gái của Edmund Ironside, Vua nước Anh.[2] Sau cái chết của Ironside vào năm 1016, Canute gửi đứa trẻ sơ sinh Edward và anh trai cậu bé đến triều đình của vua Thụy Điển, Olof Skötkonung, và cuối cùng họ đã lên đường đến Kiev. Khi trưởng thành, ông đi du lịch đến Hungary, nơi mà năm 1046 ông đã ủng hộ việc đấu thầu thành công của Vua Andrew I cho chiếc vương miện Hungary. Nguồn gốc tổ tiên của mẹ Margaret là Agatha vốn bị tranh chấp, nhưng tài liệu cho rằng Margaret được sinh ra ở Hungary vào khoảng năm 1045. Anh trai của bà là Edgar the Ætheling và em gái Cristina cũng sinh ra ở Hungary vào khoảng thời gian này. Margaret lớn lên trong một môi trường mang nặng tính tôn giáo ở triều đình Hungary.